上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

淀粉酶质二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）就是种硫醇-二硫键被阳极阳极氧化回归酶，在离子液体底物淀粉酶质中二塑炼物的被阳极阳极氧化和重排中起着至关核心的效应。在动植物中，PDI主要是参与活动调高花楸树种子种植和发育状况，催进胚乳中存放淀粉酶的被阳极阳极氧化可折叠，也是有助于花粉及花粉类食物的导致。其实，PDI在植株种植中的效应以上并没有研究方案过。

2025年7月，东北大专刘亚楠团体在IJMS（IF=5.6）上发布了一篇“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的探析实验综述。该探析根据PDI小分子抑制剂16F16祛除PDI人类什么是基因，若想探讨人类什么是基因受损对草本花卉的不良会影响。结杲证实，16F16治疗明显的遏制拟南芥根部的生张。为进这一步探讨16F16治疗的不良会影响，小说作者使用的转录组测序和TMT按量蛋清质组学对治疗过的根做出了传达谱分享。两组学联合技术分享蕴含了16F16治疗下拟南芥小苗根部减小的控制网咯，最主要牵涉到苯丙烷微生物提炼和草本花卉皮质激素预警转导路线。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

从而与探讨16F16净化正确处理对根部衍生的决定，使用了根部受力的含量反响试验台。导致反映出16F16净化正确处理对拟南芥根部衍生有更为明显控开发用，且发生变化16F16质量浓度的添加，对根部的控开发用频频明显增强。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

小说家凭借对16F16加工操作组和对应组确定转录组测序发现，16F16加工操作后共出994个相互影响到表现dna，中仅330个dna上涨，664个dna变动。变动dna的需求量宏少于上涨表现dna的需求量。以至于，需要得出16F16加工操作后PDI特异性的压制作用造成的个别涉及到蛋白质的伸缩因为影响到，然而压制作用了涉及到dna表现的现象（图1A）。为着进十步探讨拟南芥根缩减的氧分子工作机制，用TMT球膳食纤维组学分享了对比组和加工处理组互相球膳食纤维谱的转变。共鉴定结论出120个DEPs，这其中53个上浮球核淀粉酶质和6七个下跌球核淀粉酶质，表明3个与拟南芥根茎健康成长涉及到的的DEPs均下跌（图1B）。

亚血细胞确定是确定氨基酸质功能键的重中之重基本要素。便用Uniprot拜谱生物对DEPs的亚受损神经细胞wifi追踪定位系统进行预侧。选择预侧可是，DEPs重要处于膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs重要wifi追踪定位系统于受损神经细胞此实际进一个步骤可以了原本的看到。往往，wifi追踪定位系统于膜的DEPs对16F16工作有生理反应，并概率影晌拟南芥植株的根长健康发育（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的了解还有DEPs的亚肿瘤细胞分析

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为探讨拟南芥植株在16F16参与办理后的控制工作机制，能够GO含有定性讲解对DEGs和DEPs的功效症状参与细分。我们对转录组测序，GO细分报告屏幕上显示，BP类目中强势含有的DEGs参考文献标注为“对促进反应的反映”、“对水压的反映”和“对海洋生物学的反映”，遗传什么是DNA数分为为344个、235个和194个（图2A）。上述所说海洋生物学步骤中变动遗传什么是DNA的比例图很高，阐明16F16参与办理概率最主要的能够克制与促进反应反映、胁迫反映和海洋生物学反映有关的步骤来下降草本花卉对胁迫的反映。KEGG环路定性讲解阐明，DEGs在“苯丙烷海洋生物学镶嵌”、“草本花卉-副猪嗜血杆菌体完美反应”、“草本花卉缴素数据转导”、“玉米淀粉和白砂糖细胞代谢”和“MAPK数据环路-草本花卉”等前提条件中含有。除草本花卉缴素数据转导环路外，同一4种环路中变动遗传什么是DNA较多（图2B）。

经由蛋白质组学结果进行分析出现，KEGG中为显著聚集的前10个是“苯丙烷类海洋动物获得”、“光合意义”、“多种值物次生新陈分泌物的海洋动物获得”、“次生新陈分泌物的海洋动物获得”或是“新陈分泌手段”（图2D）。

图2|之间的关系展现dna和之间的关系展现核营养物质的信号通路深入分析、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

关键在于探求DEGs和DEPs相互之间的相关内容性，小编对转录组和蛋白酶质组做好了连合深入分享。共检验到16个总共DEGs，19个DEGs形容爱现象分享完全相同，9个DEGs形容爱现象分享反。马上又做好了KEGG聚集深入分享，但是表面DEGs和DEPs非常聚集了苯丙烷类生物工程制品合成视频图片途经，下次表面苯丙烷类生物工程制品合成视频图片途经是影响力拟南芥幼芽根茎健康成长的注重途经（图3)。

图3|转录组和蛋清组的联席分享

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制